فيما وصفه المراقبون بأنه ضربة للحكومة المصرية ألغت المحكمة الدستورية العليا في القاهرة السبت 3-6-2000 –في حكم لا يقبل الاستئناف- قانونًا ينظم عمل الجمعيات الأهلية، باعتبار أن إقراره تم بطريقة غير دستورية؛ لأن القانون لم يُعرض على مجلس الشورى الذي لا يتمتع بصلاحيات تشريعية، غير أنه يقوم بإبداء الرأي حول المشاريع وهو ما نص عليه الدستور.

وكانت المنظمات المدافعة عن حقوق الإنسان قد أكدت مرارًا أن القانون يفرض قيودًا تعوق إنشاء منظمات غير حكومية، وتزيد من إمكانية تدخل الحكومة في نشاطاتها؛ حيث كان يحق لوزير الشؤون الاجتماعية، في مهلة ستين يومًا رفض إنشاء منظمة غير حكومية إذا لم تستوف الشروط الواردة في المادة 11 من القانون التي تمنع خصوصًا قيامها "بأي نشاط سياسي أو نقابي" وتلقّيها أي تمويل "من هيئة أجنبية دون إذن من الوزارة"، ومن المقرر أن تخضع المنظمات غير الحكومية مؤقتًا لأحكام المادة الدستورية التي تضمن حق تشكيل الجمعيات، بانتظار أن تتقدم الحكومة باقتراح نص جديد.

يذكر أن مجلس الوزراء المصري اعتمد نص القانون الذي يتضمن 75 مادة وأثار كثيرًا من الجدل، وأحاله فورًا إلى مجلس الشعب (البرلمان) حيث أقرّته لجنة الشؤون الدينية والاجتماعية النيابية، في أقل من أسبوع في مايو 1999، مما أثار الكثير من الانتقادات في أوساط الأحزاب المصرية والمنظمات غير الحكومية لهذا المسلك