وقال بطريرك الأقباط الأرثوذكس خلال لقاء مع نادي الليونز بالقاهرة نقلته عنه صحيفة "الحياة" الأربعاء 30-10-2002: "لا نريد سوى شيء من المساواة في التعامل بين عنصري الأمة، فالمسيحيون لا يجدون في بعض الأحيان المساحة المعقولة التي يمكن أن يتحركوا فيها".

وأوضح ردا على سؤال حول حقوق المواطنة: "هناك فارق بين القواعد العامة والتطبيق الفعلي، فالدستور يؤكد تساوي المسلم والمسيحي في الحقوق والواجبات، لكن الأمر مختلف في الواقع فهناك 444 عضوا منتخبا في البرلمان، ولم ينجح من المسيحيين سوى 3، والأمر نفسه ينطبق على تمثيل الأقباط في النقابات والمجالس الشعبية"، وتساءل شنودة: "أليس من حق الأقباط أن يمثلوا في البرلمان تمثيلا معقولا؟".  

المسيحية الصهيونية  

من جهة أخرى، نفى البابا وجود الصهيونية المسيحية قائلا: "لا يوجد شيء اسمه الصهيونية المسيحية، ولكن يوجد بعض المسيحيين المتعاطفين مع اليهود، وهؤلاء من المنحرفين ويعتنقون مبادئ وأفكارا مغلوطة".  

وأضاف: "لا أستطيع أن أحصي المقالات والكتب والنشرات التي تهاجم فيها المسيحية في مصر، إلا أننا نمرر الأمور حتى لا نفتح مشاكل كبيرة أو حتى صغيرة".

وجدد شنودة رفضه لما قاله القس الأمريكي "جيري فالويل" عن النبي محمد صلى الله عليه وسلم، وقال: "تهجُّم قس أمريكي على الإسلام بطريقة بشعة أمر لا يقبله أحد".