من جهة أخرى، شاركت الرئيسة الإندونيسية ميجاواتي سوكارنو الإثنين 14-10-2002 في جلسة خاصة عقدتها الحكومة لبحث تداعيات التفجيرات.

كما أعلن قائد الشرطة الإندونيسية الجنرال "ضي بختيار" أن قوات الأمن ببلاده ستعزز الإجراءات الأمنية حول جميع البعثات الدبلوماسية في البلاد.

وقال بختيار الذي شارك في اجتماع الحكومة: "سنوفر أقصى قدر من الأمن لجميع السفارات والقنصليات في أنحاء إندونيسيا، وسيقوم الجيش الإندونيسي بمساعدة الشرطة في هذه المهمة".

وأضاف "بختيار" قائلا: "إن الشرطة تبذل كل ما في وسعها للكشف عن مرتكبي الاعتداء"، مشيرا إلى أن إندونيسيا ترحب بأي مساعدة دولية في إطار التحقيق الذي قال إنه يجب أن يبقى في أيدي جاكرتا.

وقد أوفدت أستراليا بالفعل فريقا من الشرطة والمخابرات لمساعدة الشرطة الإندونيسية التي تلقت في الوقت نفسه عرضا للمساعدة من مكتب التحقيقات الفيدرالي الأمريكي ومن شرطة سكوتلانديارد البريطانية.

من جهته دعا قائد الجيش الجنرال "أندريارتونو سوتارتو" إلى تشكيل وحدة خاصة بمكافحة الإرهاب. وقال: "إن اعتداء بالي يجب أن يحمل الحكومة على تشكيل وحدة خاصة لمكافحة الإرهاب"، مشيرا إلى أن الجيش يملك وحدة من هذا النوع إلا أنه لا يملك صلاحية التدخل في قضايا جنائية.

وقد تعرضت الحكومة الإندونيسية لانتقادات عنيفة اتهمتها بتقصير أجهزة المخابرات وعجزها عن توقع مثل هذه الاعتداءات على الرغم من التحذيرات المتعددة التي تصلها.

وحذرت بعض الصحف المحلية من أن سمعة إندونيسيا السياحية ستتأثر إضافة إلى اقتصادها إذا لم تلق الحكومة القبض على الجماعات التي تقف وراء الانفجار.