وأوكلت رئيسة الوزراء الإسرائيلية في ذلك الوقت "جولدا مائير" لشارون مهمة القضاء على حركة الفدائيين الفلسطينيين التي كانت في أوجها في قطاع غزة.

ووضع كل من شارون ودجان في ذلك الحين مخططًا لمعالجة حركة الفدائيين، أطلق عليه شارون "اجتثاث الشياطين"، حيث قام جنود لواء المظليين بقيادة الجنرال دجان بمهاجمة البيوت الفلسطينية، وهدم بيت كل فلسطيني يؤوي فدائيًّا فلسطينيًّا. وكل فدائي فلسطيني يتم قتله يقوم شارون بإصدار أوامر بنفي أسرته من القطاع إلى الأردن أو إلى لبنان.

وأصدر دجان أوامره إلى جنوده أنه في حال نجاحهم في قتل أي فدائي فإن عليهم أن يقوموا بالتمثيل بجثته، وقد قام جنود دجان بوضع جثث الشهداء في بالوعات المجاري أمام مرأى الجمهور الفلسطيني.

كما اشتهر الثنائي "شارون- دجان" بفرض حظر التجول المتواصل، حيث كانت تصل فترة منع التجول إلى شهر من الزمان، يتم خلالها مداهمة البيوت، وحشد الناس في النوادي تحت البرد والمطر، بحيث يتم إجبارهم لساعات على رفع أيديهم إلى الأعلى.

واعترف دجان في حديث أجراه مع القناة الثانية للتليفزيون الإسرائيلي في 11 فبراير 2001م -في إشارة إلى الانتفاضة الفلسطينية التي بدأت نهاية سبتمبر 2000م- أنه شارك شخصيًّا في عمليات الإذلال التي تعرض لها الفلسطينيون، ودافع عما قام به، مبررًا ذلك بأنه جاء من أجل إفهام الفلسطينيين أنه يجب أن يعوا أنه لا طائل مطلقًا من أي عمل "عدائي" يقوم به الفدائيون ضد الجيش الإسرائيلي، وأنه لن يتضرر الفدائيون وأسرهم فقط بل ومجمل السكان الفلسطينيين.

وقال دجان بدون أي تردد: إنه من خلال موقعه كرئيس للطاقم الإستراتيجي المكلف بالتعامل مع الانتفاضة سيوصي بالتعرض لحياة قادة السلطة الفلسطينية، مضيفًا أن الضغط على النخب الحاكمة في السلطة الفلسطينية هو وحده الكفيل بوقف الانتفاضة.